孔融副本是游戏里面中期的重要挑战对象，在216级的时候，玩家就会第一次碰到孔融副本，这个副本中敌方主将孔融采用突击战术开局，玩家需要选择防守战术来应对。阵容主要是用孟获、赤壁奇谋、桃园结义、黄月英、周泰，装备就要用到红甲和流光玉符，阵法要达到25级以上。

孔融副本这个一关是比较迅猛的，但是后劲不足，只要玩家能够撑住第一个回合，对战将没有伤亡的情况下，是可以安然通关的。玩家在231关的时候会再次碰到孔融，这个孔融是整个游戏里面最强的孔融副本，它会携带两个战车和五个护甲，主将孔融的血量高达17.6万，战法效果包含觉醒关羽的武神光环，还会附带减伤的效果。这个副本对于玩家的要求比较高，输出和护盾都要充足，如果用蜀汉阵容就要用到觉醒关羽这种高输出的武将，不然输出上是打不动孔融的，这一关主要就是看输出是否充足，如果输出充足的情况下是可以的。对于前排的要求也有一些，但是没有输出那么高，前排可以用夏侯惇或者孙策那种，刘备也可以起到一个回血的作用。如果用吴国阵容，就要用到孙尚香和周泰，一个在前面抗住，一个在后面输出，孙权可以打打辅助。

这两个孔融对于玩家来说都不算太过于轻松，尤其是带有武神的孔融，本身的伤害又高，还有大量的减伤效果。